Anfänglich treten nur wenig typische allgemeinentzündliche Symptome auf. Später bestehen entsprechend den entzündlichen Veränderungen in den verschiedenen Organen (Nieren, Harnblase, Prostata, Nebenhoden, Harnröhre) z.B. Brennen beim Wasserlassen (Dysurie) Schmerzen in der Dammgegend, Hoden- und Nebenhodenschwellung, Bakteriurie, Hämaturie und Hämospermie auf.
Häufigste Symptome sind Hämaturie bzw. Dysurie und Schwellung von Hoden und Nebenhoden (z.T. schmerzlos).
Darüberhinaus ist hier entsprechend der Pathogenese der UGT auch die Lunge mit in die Untersuchung einzubeziehen, wobei die primären Veränderungen (Lunge) nur selten nachweisbar sind.