Als Ursache werden Infektionen, infravesikale Obstruktionen (z.B. Harnröhrenstrikturen, Hypospadien), neurogene Harnblasenentleerungsstörungen, endoskopische Manipulationen (auch Fremdkörpereinführungen) bzw. Reflux von Urin in den Nebenhoden angenommen Literatur:Al-Tahini, K. M. et al: "Acute Epididymitis in Children: The Role of Radiologic Studies", J Urol, 71, 826-829, 2007. Der Ausbreitungsweg wird als kanalikular aszendierend, d.h. via Harnröhre in den Nebenhoden angesehen.
Bei 50-70% der Nebenhodenentzündungen wurde bis in die 70er Jahre des vergangenen Jahrhunderts keine der oben genannten Ursachen gefunden und deshalb von einer idiopathischen Epididymitis gesprochen Literatur:Wilbert, D. M.: "Klinische und ätiopathogenetische Aspekte der Epididymitis", Wehrmed. Mschr., 11, 471-472, 1987.
Mikrobiologische Keimnachweise zeigten bei Kindern nur selten typsiche Harnwegsinfektkeime. Die Untersuchungen von Somekh et al ergaben in 50-60% erhöhte serologische Titer von Mykoplasma penumoniae, Endoviren und Adenoviren Literatur:Somekh, E. et al.: "Acute Epididymitis in boys: evidence of a post-infectious etiology", J Urol, 171, 391-394. Die Autoren sind daher der Ansicht, dass die Nebenhodenentzündung bei Kindern in den meisten Fällen ein entzündliches Phänomen darstellt mit gutem Verlauf.
Bei Jugendlichen und jungen Erwachsenen brachte der Nachweis von Chlamydia trachomatis Mitte der 70er Jahre pathogenetische Fortschritte (STI).
Harnisch und Berger konnten in einer Studie 1977 zeigen, dass etwa in 25% Chlamydien als Erreger der Nebenhodenentzündung in Frage kommen Literatur:Harnisch, J.P., Berger, R. E. et al: "Aetiology of Acute Epididymitis", Lancet 819-821, 1977. Diese Ergebnisse finden sich überwiegend bei jugendlichen Patienten als sexuell übertragene Infektionen (STI). Seltener werden Gonokokken als Ursache festgestellt.
Im Gegensatz dazu wird bei Männern jenseits des 35. Lebensalters die Nebenhodenentzündung häufig durch Gramnegative Keime im Urin (E. coli, Enterokokken) hervorgerufen.
Mykobakterium tuberkulosis kann als Erreger der Tuberkulose des Nebenhodens (UGT) bei Jugendlichen, selten bei Kindern, aufgrund der langen Latenzzeit auftreten. Die Infektion des Nebenhodens erfolgt zumeist hämatogen, teilweise kanalikulär von einem Primärherd aus (s. auch Urogenitaltuberkulose).